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GROMACS
来源: 作者: 发布时间:2010/3/10 17:32  点击数:4659 次 

官方主页:http://www.gromacs.org/

简介

      GROMACS是分子动力学通用软件包,用于模拟含几百到几百万粒子体系的牛顿运动方程。它特别适用于生物分子,如蛋白质,油脂等有大量复杂健作用的体系,但是由于GROMACS在计算非键作用(这占了模拟的主要部分)时相当快,因此也可广泛应用于非生物体系,如聚合物。

功能

      GROMACS除了支持现代分子动力学的全部常见算法,还有一些颇具竞争力的新特色:

1、 GROMACS对代码进行了很多算法上的和针对不同硬件的优化,执行效率通常比其它同类程序高3-10

2、GROMACS界面友好

3、不用脚本语言,所有程序使用简单的命令行选项接口用于输入和输出文件。程序还提供支持全部程序模块的图形用户界面

4、进行计算时,GROMACS会告诉用户用了多少时间,以及预计还需要多长时间

5、输入文件和轨迹文件与硬件无关,因此可以被不同版本的GROMACS读取。程序还具有向下兼容性

6、通过使用有损耗压缩技术,提供了存储轨迹文件的紧凑方法

7、大量用于轨迹分析的工具,并可提供数学分析软件Xmgr/Grace格式的图

8、轨迹浏览器,只需要标准X的支持

9、使用标准MPI通信进行并行计算

10、GROMACS包含几种绝妙的算法,可以极大地提高计算效率却不损失计算精度

11、包含完全自动的拓扑生成器,产生蛋白质甚至是多聚体的结构

12、正在开发的GROMACS到量子化学和生物信息学数据库的接口

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