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Amber
来源: 作者: 发布时间:2010/6/8 9:20  点击数:2953 次 

  官网:http://ambermd.org/

Amber是程序套件集合的名称,用于分子(特别是生物分子)的动力学模拟,并不是哪个具体的程序叫这个名称,而是很好地协调工作的各个程序部分一起提供了一个强大的理论框架,用于多种通用计算。AMBER提供两部分内容:用于模拟生物分子的一组分子力学力场(无版权限制,也用于其它一些模拟程序中);分子模拟程序软件包,包含源代码和演示。

功能 发布版包含了大约 60 个程序,它们相当好地协调工作。主要的程序有:

sander 用来自 NMR 的能量限制模拟退火。可以基于来自 NOE 的距离限制和扭转角限制、基于化学位移和 NOESY值的性能损失函数,进行 NMR 的精细化。Sander也是用于分子动力学模拟的主程序。

gibbs  

程序包含自由能微扰(FEP)和热动力学积分(TI),还允许平均力势(PMF)的计算。

roar   

进行 QM/MM 计算,“真正的”Ewald模拟,以及备用的分子动力学积分程序。

nmode

使用一阶和二阶导数信息进行简正模式分析的程序,用于寻找局域最小值,进行振动分析,寻找过渡态。

LEaP

X-window程序,用于基本模型,AMBER 坐标和参数/拓扑文件的创建。它包含分子编辑器,可以创建基团和操作分子。

antechamber

该程序套件对大多数有机分子自动产生力场描述。它从结构开始(通常是 PDB 格式),产生LEaP可识别的文件用于分子模拟。要求对蛋白质和核酸产生的力场与通常的 Amber力场一致。

ptraj和 carnal

用于分析 MD轨迹,计算参考结构的 RMS 偏差,氢键分析,时间相关函数,扩散特性等。

mm_pbsa

脚本,对 MD 轨迹自动后期处理,用连续溶剂方法进行热力学分析。它能够把能量归属到

不同的基团片断中去,并估算不同构像之间的自由能量差。

 

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